SMK Muhammadiyah setelah tiga tahun melaksanakan Sistem Manajemen Mutu (SMM) ISO 9001:2008, akhirnya pada tahun 2013 akan segera melaksanakan audit Resertifikasi ISO SMM 9001:2008 pada 27 Pebruari s.d 1 Maret 2013 dengan Auditor dari PT. SAI GLOBAL. Hal ini dilaksanakan adalah untuk mempertahankan pengakuan terhadap manajemen secara nasional dan internasional, adapun unit kerja yang akan di audit adalah Kepala Sekolah, Waka. Manajemen Mutu, Waka. Kurikulum, Waka. Kesiswaan, Waka. Humas, Waka. Sarana prasarana, TKR (Otomotif), TM, TKJ, BK, TU, Perpsutakaan. Dan dalam waktu tahun 2013 akan mengadakan persiapan untuk standarisasi lingkungan lewat ISO 14001.